Secondo una notizia raccolta da Tertulliano, sulla fine del II secolo d. C., l’evangelista Giovanni avrebbe subito a Roma il martirio con l’immersione in una caldaia di olio bollente e, uscitone illeso, sarebbe stato relegato a Patmos. Il luogo del martirio viene localizzato nei pressi della Porta Latina. La costruzione della basilica risale al V secolo ma subì una serie di restauri e ammodernamenti il primo dei quali avvenne intorno al 1200 con l’aggiunta del campanile e un ciclo di affresci con 46 scene bibliche. Tra il XVI e il XVII secolo fu arricchita da un nuovo affresco, nell’abside, opera del Cavalier d’Arpino. Il portico medioevale e le navate della basilica sono sostenuti da colonne di spoglio appartenenti, secondo la leggenda, ad un tempio di Diana.
